Az alprogramok Aikidoban a függvények. Függvények definíciója a function kulcsszóval történik. Ezután kell megadni a függvény nevét, paraméterlistáját, nem kötelezően pedig a visszatérési érték típusát. Ha ez utóbbit nem adjuk meg, az Aikido interpreter futási időben kikövetkezteti a visszatérési értéket (ha van). Ezt követi a függvény törzse, ami viszont a forrásállomány más részeiben tovább bővíthető.
Aikidoban a legtöbb programnyelvhez hasonlóan, a paraméterátadás kétféle módon történhet:
Aikidoban tetszőleges helyen definiálhatóak és deklarálhatóak változók, függvények, osztályok és egyéb objektumok. Ebből következően egy függvény belsejében is definiálhatunk tetszőleges függvényeket, amivel egy blokkstruktúrát hozhatunk létre.
A külső blokkban található függvény szintén egy főprogramként működik, ugyanúgy végrehajtódik, mint minden más függvény törzse. A benne lévő függvénydefiníciók csak akkor hajtódnak végre, ha azt a külső függvényben meghívjuk.
Ez a fajta blokkosítás a függvényekhez teljesen hasonló módon használható class-ek, monitor-ok, thread-ek és package-ek esetében is.
A blokkokon belül különböző láthatóságot is adhatunk az egyes objektumoknak. A private láthatóságú objektumokat csak az adott blokkban, illetve annak részblokkjaiban érhetjük el.
Aikido-ban a rekurzió más programnyelvekhez hasonlóan a függvény önmagát történő meghívását jelenti. Szintaxisában semmi váratlan nincs.
Aikidoban lehetőség van más programnyelvekben megírt natív kódrészek meghívására. Ezt a függvényhívás során jelölhetjük a függvény neve előtti native kulcsszóval. Ebben az esetben az interpreter felkutatja a szimbólum táblában a megfelelő függvénynevet, és meghívja azt. Natív függvények leginkább az operációs rendszer beépített függvényeinek meghívásaira használandók.