Egy Euphoria program végrehajtható ex, exw vagy exu begépelésével amit az Euphoria fő file neve követ. Gépelhetsz további szavakat (argumentumok) ebbe a sorba, ezt nevezzük parancssornak. Egy program hívhatja a beépített command_line() függvényt, hogy olvassa a parancssort. Az Euphoria interpreter DOS32 verzióját ex.exe-nek hívják. A WIN32 verzióját exw.exe-nek hívják. A Linux verzióját exu-nek hívják. Megegyezés szerint az Euphoria fő file-ok kiterjesztése .ex, .exw vagy exu. Egyéb Euphoria file-ok, amik egy nagy program részei, végződnek .e vagy néha .ew vagy .eu. Azért, hogy megkíméljenek a gépeléstől elhagyhatod az ".ex" kiterjesztést, és az ex parancs ezt automatikusan kiegészíti. Az exw.exe ".exw", és az exu ".exu" kiterjesztésű file-okat vár. Ha a file nem található az aktuális könyvtárban, akkor a PATH felsorolt könyvtárakban fogja keresni a file-t. Átirányíthatod a standard beviteli eszközt és a standard kiviteli eszközt amikor futatsz egy Euphoria programot, például:
ex filesort.ex < raw.txt > sorted.txtvagy egyszerűen,
ex filesort < raw.txt > sorted.txt
különbözően sok más fordítótól és interpretertől nincsenek különleges parancssori opciói az ex-nek, exw-nek vagy exu-nak. Csak a Euphoria program neve a várt paraméter.