A kivételkezelésre kétféle lehetőség van az R nyelvben. Direktbe meghívhatunk függvényeket (stop, warning), vagy használhatjuk a "warn" opcióhoz hasonló beállításokat a problémák kezeléséhez.
Stop
A stop hívása leállítja az aktuális kifejezés kiértékelését, kiírja az argumentumban kapott üzenetet és visszaadja a végrehajtást a legmagasabb szintre.
Warning
A warning függvény egy stringet kap argumentumként. Viselkedése a warn beállításától függ. Ha a warn negatív, a figyelmeztetéseket figyelmen kívül hagyja. Ha nulla, akkor eltárolja őket és a legfelsőbb szintű függvény végrehajtása után kiírja, amennyiben 10-nél több figyelmeztetést kapnánk, akkor csak azok számát írja ki. Ha az értéke 1, akkor azonnal kiírja őket, míg ha minimum 2, akkor a figyelmeztetések hibákká változnak. Nulla értékű warn opció esetén a last.warning vektorba egymás után bekerülnek a figyelmeztetések. Ezek bármikor elérhetőek, kiírathatók.
On.exit
Egy függvényben megadhatjuk az on.exit tulajdonságot, amivel beállíthatunk egy kilépéskor lefuttatandó utasítást. Akár normál, akár warning hatására lép ki a függvény, ez mindenképpen lefut. Az on.exit kód kiértékelése közben fellépő hiba egy azonnali ugrást eredményez a legmagasabb szintre.
Hibakezelési beállítások
A hibák és figyelmeztetések kezelésére több beállítható változó áll rendelkezésre. A warn segítségével a figyelmeztetések üzeneteit kezelhetjük. A warning.expression segítségével a figyelmeztetések kiírása helyett egy beállított kifejezést futtathatunk. Az error változóval a hibákhoz rendelhetünk kifejezést, mely még az on.exit kiértékelése előtt lefut.