A mutációk két féle módon változtathatják a gépi utasításokat:
További három esete van:
A kereszteződésben résztvevő párok véletlenszerűen választódnak. Ekkor a genom kereszetzési pontja véletlenszerűen lesz megválasztva. A kereszteződés során az utód kisebbik része kicserélődik a kiválasztott pár megfelelő részével. A kereszteződés kétféle formában történhet:
A kereszteződéshez hasonlóan egy utód és egy kiválasztott társ vesz részt benne. Eltérően a kereszteződéstől a kód az utód kódjába beszúródik (nem cserélődik). A kód az utód bármely részébe beszúródhat. A kiválaszott társ kódjának bármely része beszúródhat az utódba.
Maximálisan a genom fele törlődhet. A törlés folyamata: Elsőként a törlendő "darab" mérete kerül meghatározásra. Majd a törlés genomon belüli helye lesz kijelölve. Végül az adott méretű kódrészlet a törlődik a kijelölt helyről.
A szándékos hibák (ebben a fejezetben a továbbiakban csak hibák) nem genetikai műveletek, mivel nem változtatják meg a genomot - bár módosítják a kód működését. A hibák ötlete a metabolikus reakciókban keletkező természetes hibákon alapulnak. Ekkor a reakció sikertelen vagy valamilyen melléktermék jön létre. Ennek megfelelően a Tierrában a hibák szándékosan változtatják meg a gépi utasítások hatását. Néhány példa a hibák hatására: aritmetikai műveletek esetén az eredményt +/- 1-el megváltoztaják regiszter mozgatások esetén egy szomszédos regiszterbe teszik az eredményt bit léptetés vagy rotáció esetén egy bittel tovább shiftelődik vagy léptetődik az eredmény