A Tierra eszközök használata
A Tierra üzebehelyezése
A Tierra program üzembehelyezése egyszerű. Az általános ismertető oldalon megadott linkről azonnal letölthető, szintén a mellékelt linkek között van az elérhető dokumentáció linkje is. Érdemes a Quick Start lépéseit áttekinteni. A Tierra mind Windows és Linux ill UNIX rendszereken képes működni. Sem a Windows sem a (legtöbb) Linux esetén nem kell a program le fordításval bajlódnunk, a binárisok azonnal futnak. (A példa Linux-ra vonatkozik) A Tierra fő directory-jába (a példákban legyen ez is tierra) kerül a tierra végrehajtható file. Indítása egyszerű, ha nincs a PATH-ban, akkor a Tierra fő directory-jában:
$ ./tierra
Ha minden rendben, akkor azonnal indul a tierra. A tierra program azonnal üzen az alapértelmezett konzolra. Itt léthatjuk, hogy ha valami baj van. Ha rendben mennek a dolgok, akkor az üzenetek követik egymást. A programot a ^C billentyű paranccsal interaktív módba válthatjuk, ahol a megjelenő menün keresztül adhatunk különböző parancsokat, pl. leállíthatjuk a program futását.
Célszerű néhány további dolgot ismerni a program működéséről. A soup_in konfigurációs file-ban lehet beállítani az alapértelemezett futási paramétereket. A felhasználó is készíthet ilyen konfigurációs fájlt a saját beállításainak. Például ha a felhasználói konfigurációs fájl neve: si11, akkor a következő módon kell a tierra-t indítani:
$ ./tierra si11
Ekkor a konfigurációs fájlban megadott paraméterekkel indul a program. A legfontosabb paraméter GenebankPath paraméter.
A GenebankPath adja meg melyik un. gén bank directory-ból vegye a szükséges genom fájlokat a futáshoz és hová tegye az futás outputját.
Hogy a különböző genomok jól elkülöníthetően legyenek, a tierra a gén bank directory-kat használja. Ha készítünk egy új kézzel írt creature-t, akkor azt célszerű külön gén bank directory-ba tenni és ha "futtatjuk" a creature-t, akkor a keletkező outputokat szintén oda lehet helyezni. Így látható lesz, milyen genomok futtatása mit eredményez. A tierra konvencionálisan gb kezdetű directory neveket használ.
A konfigurációs fájl utolsó sora adja meg melyik genom kezdjen műköni a tierra indításával.
Példa konfig részlet (a # jel komment sort jelöl)
#
GenebankPath = gb11/ path for genebanker output
.
.
.
#
0080aaa
Ebben az esetben a tierra/gb11-es directory-ban léteznie kell egy 0080.gen fájlnak, csak akkor indul el a tierra.
Program fordítás a Tierra-ban
Ha már létrehoztunk egy forrás fájlt, mondjuk 0107aaa.tie néven akkor a következőket kell tennünk: Célszerű egy külön gén bank directory-ban tenni a fájlt, pl. gb11 A fordítás menete egyszerű:
$ ../arg c 0107aaa.gen 0107.tie
Ekkor keletkezik egy 0107aaa.gen biáris (végrhajtható fájl). Ha a soup paraméterek utolsó sora 0107aaa, akkor kell hogy létezzen a gb11/0107aaa.gen nevű filenak, aminek a már említett végrehajtható fájlnak kell lennie (célszerű a lefordított fájlt átmásolni vagy átnevezni).
A meglévő .gen fájlok visszafordíthatók forrás formára szintén az arg program segítségével.
$ ../arg x 0107aaa.gen aaa
A parancs kiadása után létrejön egy 0107aaa nevű fájl, ami Tierra forráskódot tartalmaz.
A tierra futásának megfigyelése
A Tierra rendszer számos eszközt biztosít a program "életének" nyomonkövetésére, hisz az egész rendszer értelme a szimuláció nyomén történő elemzés. Az egyik ilyen legfontosabb vizuális elemző program a Beagle Explorer (ez csak Linux-on áll rendelkezésre, Windows esetében egy másik program használható hasonló célokra). A Beagle Explorerrel nyomon követhetjük vizuálisan is a soup állapotát. Linux alatt a bgl-GUI_X11_Linux paranccsal indítható el. Különböző log elemző programok is segíthetnek a munkában. A tierra program futtatásának célja hogy elemezzük a megírt vagy létrejött kódok (genomok) működését: