Program- és osztálykönyvtárak
A magban található beépített szimbólumokon kívül minden programcsomagokban található. Ezek a csomagok a matematika különféle területeinek (algebra, diszkrét matematika, statisztika, stb.) módszereit tartalmazzák, illetve egyéb funkciókat tartalmaznak (példaprogramok, dátumkezelés, stb.)
A csomagok könyvtárstruktúrába vannak szervezve. Minden könyvtárban van egy Master csomag, amelynek betöltése az adott könyvtárban lévő csomagok leggyakrabban használt függvényeinek betöltését jelenti. A betöltést a <<alkönyvtár`programcsomag` vagy a Needs[”alkönyvtár`programcsomag`”] utasítással érhejük el. Utóbbi esetén csak akkor töltődik be a csomag, ha valóban hivatkozunk valamely függvényére.
A Remove utasítással a használaton kívüli (tipikusan: egy csomagba tartozó, annak behívása elôtt tévesen használt) azonosítót távolíthatjuk el.
Programcsomagot a felhasználó is készíthet, a megfelelő helyre bemásolva a többi csomaggal azonos módon használhatja.
A Mathematicát más rendszerek is használhatják (erre a MathLink program szolgál), valamint más nyelven hatékony kódot illeszthetünk hozzá.