Jelkészlet
A Mathematica ábécéjének alapja az angol ábécé, valamint a számjegyek. Különbséget tesz a kis- és nagybetűk között. Ezeken a karaktereken felül speciális karakterek is használatosak. A speciális karakterek többnyire valamilyen beépített függvény "szintaktikus cukorkái" (pl. % - Out[]-tal, az utolsó elvégzett művelet eredményével ekvialens; {} – a List függvény). A * a szorzás jele, azonban ehelyett a szóköz is használható.
Azonosítók elnevezésére az angol ábécét használhatjuk, valamint a számjegyeket, a szokásos kikötéssel: az első pozíción nem állhat számjegy. A szimbólumok elnevezésére a Mathematica alkotói azt a konvenciót javasolják, hogy a szimbólum neve a teljes angol megnevezés szavaiból álljon, elválasztó jelek nélkül, minden szó nagy kezdőbetűvel kezdődjön. Ez hosszú és bonyodalmas nevekhez vezet ugyan, azonban ezzel a konvencióval a szimbólumok nevei könnyen kitalálhatóak (nem kell állandóan a súgót bújni), valamint a rendszerbe beépített automatikus kiegészítési lehetőség is segíti munkánkat. Ettől a beépített szimbólumok tekintetében is csak kevés esetben tértek el, ezek az alapvető matematikai szimbólumok, úgymint a pi, e, i, a végtelen jele és j, ezeket csak gyakori használatuk miatt fogadja el a Mathematica, helyettük a konvenciónak megfelelő párjuk, sőt, például a "pi" esetén a p szimbólumot is elfogadja.
Környezet
A szimbólumok elnevezése valójában két részből áll, egy környezetből (context) és a szimbólum rövid nevéből. Mindig van egy alapértelmezett környezet (ezt a $Context változó tartalmazza) és egy környezet-útvonalak halmaza ($ContextPath). Ha egy változóra a környezet megadása nélkül hivatkozunk, akkor ebben keresi, amennyiben a szimbólum neve elé a ` jelet tesszük, csak az alapértelmezett környezetben keres.
Foglalt jelek, szavak
A Mathematica foglalt szavai azok, amelyek a magban vannak definiálva. Ezek nagy része valamilyen matematikai fogalom angol elnevezése. A $ jellel kezdődő kötött szavak az aktuális platformmal kapcsolatos rendszerváltozók.
Megjegyzést (* és *) közé írhatunk.
Zárójelezés:
- ( ) zárójelpárt a precedenciaszabály felülbírálásakor kell használni,
- [ ] között kell egy függvény argumentumait megadni,
- { } jellel listákat definiálhatunk (vö. List függvény),
- [[ ]] jellel listák elemeire hivatkozhatunk (vö. Part függvény), egymásba ágyazott listák esetén az egyszerűség kedvéért vesszővel elválasztva egy [[ ]] zárójelpár között elegendő felsorolni az indexek egyes szinteken kiválasztott értékét.